Latopis Ipatiewski podaje, iż w 1260 roku istniała w Mielniku murowana grodowa cerkiew pw. Bogurodzicy z cudowną ikoną Chrystusa Zbawiciela. W tymże roku w tej cerkwi modlił się Daniel Romanowicz (ok. 1201-1264), książę halicko-włodzimierski (1239-1264), który w 1253 roku przyjął w Drohiczynie koronę z rąk legata papieskiego arcybiskupa Opizona.
Początki parafii rzymskokatolickiej w Mielniku nie są znane. W święto św. Piotra Apostoła 1420 roku Witold Aleksander (ok. 1348-1430), wielki książę litewski (1413-1430), odnowił w Kamieńcu fundację kościoła pw. Bożego Ciała, Wniebowzięcia NMP, św. Mikołaja i Wszystkich Świętych przy zamku w Mielniku, nadając probostwu mielnickiemu wieś Wajków założoną na prawie magdeburskim oraz łąkę nad Bugiem zwaną Ostrołęka. W 1439 roku plebanem mielnickim był ks. Maciej z Turny, a w 1484 roku ks. Jan. W strukturze administracyjnej diecezji łuckiej do 1589 roku Mielnik był siedzibą jednego z trzech „okręgów” diecezjalnych (przypuszczalnie od 1554).
Książę czerski i warszawski Bolesław IV (1421-1454) – w okresie władania Podlasiem (1440-1444) – nadał Mielnikowi prawo miejskie chełmińskie, dokumentem wystawionym w Drohiczynie w dniu 22 września 1440 roku. Wielki książę litewski (od 1492) Aleksander Jagiellończyk (1461-1506), król Polski (1501-1506), oczekując na koronę królewską w dniu 27 października 1501 roku zmienił prawo miejskie chełmińskie na magdeburskie (w 1934 r. Mielnik utracił prawa miejskie).
Nadania witoldowe na rzecz parafii potwierdził w 1513 roku król Zygmunt I Stary (1506-1548), który powiększył je o młyn i dziesięciny od mieszczan mielnickich. W czasie pobytu króla na zamku w Mielniku w 1513 roku zapadła decyzja o budowie w mieście kościoła filialnego pw. Narodzenia NMP. Pierwsza wzmianka o tej świątyni pochodzi z 1551 roku. W latach 1517-1519 proboszczem w Mielniku był ks. Gall.
Jeśli chodzi o kościół parafialny pw. Bożego Ciała, po pożarze zamku ok. 1551 roku został on gruntownie przebudowany. Jego konsekracji w dniu 1 listopada 1618 roku dokonał ks. Stanisław Udrzycki (zm. 1621), biskup tytularny Argivensis (4 grudnia 1617 r.), pierwszy sufragan łucki (1617-1621). W tym miejscu należy dodać, iż w pierwszej połowie XVII, wieku ok. 1646 roku, obie parafie prawosławne przystąpiły do unii brzeskiej. Na początku XVII wieku miasto podupadło, a wraz z nim kościół parafialny. W tej sytuacji coraz większego znaczenia nabierała wspomniana świątynia pw. Narodzenia NMP stojąca w centrum miasta. Wojciech Emeryk Mleczko (ok. 1625-1673), starosta mielnicki (1646-1673), wojewoda podlaski (1665-1673) i jego żona Anna z Bnina Opalińska dokonali restauracji tejże świątyni i założyli przy niej w 1655 roku szpital-przytułek dla siedmiu ubogich. Z czasem doszło do tego, że kolejny proboszcz ks. Mateusz Pierzchała nie orientował się, którą świątynię należy uważać za farną. Dopiero król Władysław IV Waza (1632-1648) w liście z dnia 19 czerwca 1630 roku skierowanym do Krzysztofa Wiesiołowskiego h. Ogończyk (zm. 19 kwietnia 1637 r.), starosty mielnickiego (1626-1637), przypomniał, że kościołem parafialnym jest świątynia fundacji witoldowej stojąca przy Górze Zamkowej. W okresie „potopu szwedzkiego” w sobotę przed świętem Pięćdziesiątnicy 19 maja 1657 roku został spalony kościół parafialny i całe archiwum, a w dniach 20-25 maja 1657 roku zamek i miasto (według niektórych przez starostę). W latach 1669-1675 rozpoczęto jego odbudowę.
Warto jeszcze zaznaczyć, że około 1710 roku wzniesiono w Mielniku kolejny drewniany kościół pw. św. Rocha, prawdopodobnie w związku z epidemią cholery, która pustoszyła Podlasie w czasie wojny północnej (1700-1721). Według inwentarza z 1939 roku służył on później jako kaplica cmentarna, a następnie został przeniesiony na cmentarz prawosławny.
W czasie prześladowań unii kościół unicki pw. Narodzenia NMP, który został zbudowany w latach 1821-1823, zamieniono na cerkiew prawosławną. Po upadku Powstania Styczniowego (1863-1864) dnia 16 września 1866 roku z rozkazu (nr 1246/1866) Konstantego von Kaufmana (1818-1882), generał-gubernatora grodzieńskiego, kowieńskiego i wileńskiego (1865-1866), kościół katolicki pw. Bożego Ciała został zamknięty na pięć lat, a beneficjum przekazane służbie cerkiewnej parafii prawosławnej. Z rozkazu (nr 88) generał-majora Aleksandra Potapowa I (1818-1886), generał-gubernatora grodzieńskiego i wileńskiego (1868-1874), który został wydany 3 stycznia 1870 roku, kościół ten w roku następnym przerobiono na cerkiew prawosławną pw. Świętego Ducha, przyłączając wiernych do parafii w Siemiatyczach (1871). Drugą cerkiew unicką w 1878 roku przeniesiono do Grabarki.
W czasie odwrotu wojsk rosyjskich w 1915 roku kościół parafialny pw. Bożego Ciała został spalony. Po I wojnie światowej – w ramach rewindykacji – został zwrócony katolikom. W ocalałej z pożaru zakrystii urządzono kaplicę pw. św. Antoniego, która została poświęcona 10 września 1921 roku. Nabożeństwa były tutaj sprawowane do 1938 roku. Jednak z powodu dużych zniszczeń nie zdołano odbudować starego kościoła. Do dzisiaj można oglądać jego ruiny na skarpie góry zamkowej.
Budowę obecnego murowanego kościoła pw. Przemienienia Pańskiego rozpoczęto w 1913 roku, dzięki staraniom Wiktora Walkiewicza (zm. 1927), syna ostatniego organisty przed kasatą parafii. Prace budowlane przerwały działania wojenne w latach 1914-1918. Wkrótce po wycofaniu się Niemców ks. Mikołaj Ikonowicz (1889-1937) zaczął odprawiać nabożeństwa w nowo zbudowanej świątyni. Nieskończony kościół ucierpiał ponownie w dniach 1-7 sierpnia 1920 roku, kiedy wojska polskie próbowały zatrzymać nawałę wojsk bolszewickich idących na Warszawę. Wykończeniem i urządzeniem wnętrza kościoła kierował po wojnie ks. Konstanty L. Cegielski (1880-1935), proboszcz mielnicki (1920-1939).
W 1940 roku, kiedy Mielnik znalazł się w strefie granicznej (połosa), ludność została wysiedlona, a kościół zamieniony na stołówkę dla sowieckich żołnierzy strzegących granicy. Zniszczeniu uległo wówczas całe jego wyposażenie. Podczas wojny niemiecko-sowieckiej w 1941 i 1944 roku pociski artyleryjskie zburzyły kruchtę oraz uszkodziły ściany i dach. W czasie wojny parafianie uczęszczali do wsi Mętna w parafii niemirowskiej, gdzie w lokalu szkolnym była sprawowana dla nich Msza św. (dwa razy w miesiącu). Gruntowne remonty kościoła zostały przeprowadzone dopiero w latach 1971-1972; 1982-1985 i 1998-2000.
Od 17 grudnia 1950 r. pracę duszpasterską w parafii mielnickiej prowadzą ojcowie ze Zgromadzenia Najświętszych Serc Jezusa i Maryi (SS.CC). Pierwszym duszpasterzem zakonnym został o. Jozafat Kazimierz Rytel (prob. 1950-1954).). Parafia w Mielniku w dniu 8 grudnia 1992 roku została powierzona na stałe Zgromadzeniu Najświętszych Serc Jezusa i Maryi oraz Wieczystej Adoracji Najświętszego Sakramentu Ołtarza. Ojcowie otrzymali również zgodę na kanoniczne otwarcie domu zakonnego.
Na placu przykościelnym stoi dzwonnica zbudowana w 1972 roku. Obok ruin kościoła zamkowego kościoła znajduje się murowany budynek z ok. połowy XIX wieku zwany „skarbcem królowej Bony”, który przejściowo służył jak plebania i salka katechetyczna (ul. Brzeska 69).
Przy ul. Brzeskiej 134 jest położona obecna murowana, piętrowa plebania parafii mielnickiej zbudowana w 1952 roku staraniem o. Jozafata Rytla.
Kaplica:
Wajków – w latach siedemdziesiątych XVII wieku wieś ta należała do ks. Kazimierza Zwierza (zm. 1682), biskupa tytularnego Orthosias (10.11.1664), pierwszego sufragana łuckiego (1664-1682). W 1751 roku została wybudowana tutaj pierwsza kaplica. Obecna kaplica dojazdowa pw. Niepokalanego Serca NMP została wybudowana w latach 1998-1999, staraniem o. Kazimierza Jasielczuka (1994-2000). Jej konsekracji dokonał 26 września 1999 roku ks. bp Antoni P. Dydycz, ordynariusz drohiczyński.
Oprac. dr ks. Zbigniew Rostkowski